לאחר פינוי הפסולת, חברת שי פינוי דירה מציעה שירותי ניקיון וחיטוי מקיפים. זה כולל ניקוי יסודי של כל האזורים שפונו, תוך שימוש בחומרי ניקוי וחיטוי מקצועיים. הצוות מטפל בכתמים עקשניים, ריחות רעים, ובעיות עובש שעלולות להיווצר מהצטברות פסולת. במקרים של
אגרנות כפייתית, מבוצע חיטוי מעמיק במיוחד לטיפול בזיהומים אפשריים. שירותי הניקיון כוללים גם טיפול ברצפות, קירות, ואזורים שבדרך כלל מוזנחים. במידת הצורך, מבוצעת גם הדברה למניעת מזיקים. המטרה היא להחזיר את הבית למצב היגייני ובטוח למגורים, מוכן לשימוש מיידי או לשיפוץ נוסף.