הטיפול באגרנות כפייתית אצל ילדים דורש גישה רב-מערכתית ורגישה לגיל. טיפול קוגניטיבי-התנהגותי (CBT) מותאם לילדים יכול לעזור בשינוי דפוסי חשיבה והתנהגות. טכניקות של משחק ואמנות יכולות לסייע בהתמודדות עם חרדות ורגשות קשורים. עבודה עם ההורים היא קריטית, כולל הדרכת הורים על כיצד לתמוך בילד ולעודד התנהגויות בריאות.
פינוי תכולה הדרגתי ורגיש, בשיתוף הילד, יכול להיות חלק מהתהליך הטיפולי. במקרים מסוימים, טיפול תרופתי עשוי להישקל, בעיקר אם יש הפרעות נלוות כמו חרדה או OCD.