פינוי בית מוזנח מציב מספר אתגרים משמעותיים: ראשית, קיים סיכון בריאותי גבוה בשל הצטברות של לכלוך, עובש, וחיידקים לאורך זמן. שנית,
פינוי בית עמוס דורש התמודדות עם כמויות גדולות של חפצים וזבל, מה שמקשה על הנגישות והעבודה. ישנו גם אתגר רגשי, במיוחד אם מדובר בבית של קרוב משפחה או במקרים של אגרנות כפייתית. בנוסף, יש צורך בהערכה מדויקת של מצב המבנה, שכן הזנחה ממושכת עלולה לגרום לנזקים מבניים. לבסוף, נדרשת מומחיות בזיהוי ושימור חפצים בעלי ערך שעלולים להיות מוסתרים בין ערימות הפסולת.