הטיפול באגרנות כפייתית מציב מספר אתגרים משמעותיים. ראשית, קיים קושי בגיוס שיתוף הפעולה של האגרן, שעשוי להתנגד לשינוי מתוך חרדה או חוסר מודעות לבעיה. שנית, תהליך ה
סידור דירות והפינוי עלול לעורר מצוקה רגשית משמעותית. אתגר נוסף הוא מניעת הישנות ההתנהגות לאחר הטיפול. לבסוף, הטיפול דורש זמן ומשאבים רבים, ולעיתים קרובות מצריך שיתוף פעולה של המשפחה והסביבה הקרובה.