האתגרים העיקריים בסידור וניקיון דירות אגרנות כוללים התמודדות עם כמות עצומה של חפצים, לעיתים בתנאים תברואתיים ירודים. יש צורך בגישה רגישה ומכבדת לבעיות נפשיות של האגרן, תוך הבנה שכל חפץ עשוי להיות בעל משמעות רגשית עבורו. בנוסף, קיים אתגר לוגיסטי ב
פינוי חפצים מדירה עמוסה, וכן הצורך בטיפול במזיקים ובעיות תברואה שעשויות להתפתח. חשוב גם לעבוד בשיתוף פעולה עם גורמי טיפול מקצועיים לתמיכה נפשית באגרן במהלך התהליך.
