שירות הניקיון והארגון לאחר פינוי הרהיטים בבית יצחק מותאם לאופי הכפרי והאקולוגי של היישוב. לאחר הוצאת הרהיטים, צוות שי פינוי דירה מבצע ניקיון יסודי של האזורים שהתפנו, תוך שימוש בחומרי ניקוי ידידותיים לסביבה. זה כולל שאיבת אבק, ניגוב משטחים, וניקוי רצפות. במקרה של פינוי מלא, מתבצע ניקיון מקיף של כל הבית. הצוות גם מסייע בארגון מחדש של החלל, תוך התחשבות בסגנון החיים הכפרי. הם יכולים לספק שירותי
סידור דירות נוספים, כמו ארגון אזורי אחסון חיצוניים או סידור פינות ישיבה בגינה. המטרה היא להשאיר את המקום נקי, מסודר ומוכן לשימוש, תוך שמירה על האופי הייחודי של הבית בבית יצחק.