תחזוקה נכונה של קונטיינר לאחסון חיונית לשמירה על תקינותו ועל הפריטים המאוחסנים בו. ראשית, יש לבצע בדיקות תקופתיות לאיתור נזילות, סדקים או סימני קורוזיה. נקה את הקונטיינר באופן סדיר, כולל רצפה, קירות ותקרה. וודא שמערכת האוורור פועלת כראוי למניעת לחות ועובש. טפל מיד בכל סימן של חלודה או נזק. שמור על אטימות הדלתות והחלונות, ובדוק את תקינות האטמים. אם יש צורך, צבע מחדש את הקונטיינר למניעת קורוזיה. לבסוף, שקול
פינוי מקלטים או אזורים סמוכים לקונטיינר כדי למנוע הצטברות של לחות או מזיקים.