בטיחות בפינוי מקלט או מחסן מתחילה בהערכת סיכונים מקדימה. יש להשתמש בציוד מגן אישי מתאים, כולל כפפות, נעליים חזקות, ומסכות אבק. תאורה נאותה חיונית למניעת תאונות. יש להיזהר במיוחד בעת הרמת חפצים כבדים, תוך שימוש בטכניקות הרמה נכונות ובעזרים מכניים במידת הצורך.
פינוי זבל וחפצים גדולים צריך להיעשות בזהירות, תוך שמירה על מסלולי מילוט פנויים. במקרה של חשד לחומרים מסוכנים או אסבסט, יש להיוועץ במומחים לפני המשך הפינוי. עבודה בזוגות ונוכחות של ערכת עזרה ראשונה הם אמצעי בטיחות חשובים נוספים.