פינוי בקבוקים בצורה יעילה ואקולוגית מציב מספר אתגרים. ראשית, ישנו הקושי בהפרדה נכונה בין סוגי בקבוקים שונים למיחזור. שנית, קיים האתגר של
פינוי חפצים בכמויות גדולות באופן ידידותי לסביבה. שלישית, יש את הצורך בניקוי יסודי של הבקבוקים לפני המיחזור, מה שדורש זמן ומשאבים. רביעית, קיים הקושי במציאת פתרונות אחסון זמניים שאינם פוגעים בסביבה. חמישית, יש את האתגר של מציאת דרכי הובלה אקולוגיות למרכזי המיחזור. לבסוף, קיים הצורך בחינוך והטמעת הרגלי מיחזור בקרב כל בני הבית.
