פינוי מקלט בכפר שמריהו יכול להיות כרוך במספר אתגרים ייחודיים. ראשית, לא תמיד יש נגישות נוחה למקלט עם ציוד הפינוי הנדרש. שנית, בשל קרבה לאזורים מיוערים ופתוחים, עלולים המפגעים במקלט להיות משמעותיים יותר – הצטברות אבק ולכלוך, מפגעי מזיקים ואף סכנות בטיחותיות. ולבסוף, יש חשיבות מיוחדת לשמור על הפרטיות והשקט של הדיירים במהלך העבודה.