תהליך הניקיון היסודי של מחסן מתבצע בשלבים מתוכננים היטב. ראשית, מבוצעת הערכת מצב כוללת של המחסן. לאחר מכן, מתחילים ב
פינוי תכולה ופסולת נראית לעין. הניקיון מתחיל מלמעלה למטה, כולל ניקוי תקרות, קירות, ומדפים. מבצעים שאיבה יסודית של אבק ולכלוך מצטבר. במקרה של כתמים או לכלוך עמוק, משתמשים בחומרי ניקוי מתאימים ושיטות ניקוי מתקדמות. מטפלים במיוחד באזורים בעייתיים כמו פינות ומקומות מוסתרים. אם יש צורך, מבצעים טיפול נגד עובש ולחות. לבסוף, מארגנים מחדש את החפצים שנשארים במחסן בצורה יעילה ונגישה.