כאשר נדרש פינוי של דירה בה מתגוררת אוכלוסיית עכברים, תהליך העבודה של צוות שי פינוי דירה יהיה מורכב יותר ויתבצע בשלבים מובנים. תחילה יגיע מדביר מוסמך מטעם החברה לצורך הערכת המצב, זיהוי מוקדי הפעילות של המכרסמים ובחירת שיטת ההדברה הנכונה. רק לאחר טיפול יסודי במטרד העכברים והשמדת כל הפרטים שנמצאו, ניתן יהיה להתחיל בשלב פינוי
התכולה עצמו. בשלב זה ייאספו בקפידה כל הפריטים והחפצים מחדרי הדירה, תוך שימת דגש על אזורים בהם התגלו סימני נוכחות של עכברים, כמו שקי מזון שנכרסמו או קינים שנבנו בארונות. לבסוף יתבצע ניקיון עמוק של הדירה הכולל חיטוי כנגד חיידקים ומזהמים שמקורם במכרסמים, ופינוי של הפסולת והלכלוך שנותרו לאתרים מורשים.