האתגרים העיקריים בפינוי בתים מוזנחים או נגועים במזיקים כוללים: סיכוני בטיחות ובריאות לצוות הפינוי, הצטברות מסיבית של פסולת וחפצים, נוכחות מזיקים כמו עכברים או חרקים, ונזקי רטיבות ועובש. שי פינוי דירה מדגישה את חשיבות ההערכה המקדימה של המצב, שימוש בציוד מגן אישי מתאים, ותכנון קפדני של תהליך ה
פינוי דירה מוזנחת. חשוב גם להתייחס לרגישות הרגשית של הדיירים או בני משפחתם, במיוחד במקרים של אגרנות כפייתית.