התמודדות עם בעיות קרקע ומזיקים בגינה מוזנחת דורשת גישה מקיפה ומקצועית. ראשית, מבצעים בדיקת קרקע לזיהוי בעיות כמו חומציות גבוהה או מחסור בחומרי הזנה. לאחר מכן, מטפלים בקרקע על ידי הוספת קומפוסט או דשנים מתאימים. לגבי מזיקים, מתחילים בזיהוי סוגי המזיקים הנוכחים בגינה.
פינוי פסולת אורגנית מצטברת עוזר בהפחתת אוכלוסיית המזיקים. משתמשים בשיטות הדברה ידידותיות לסביבה, כמו שימוש בצמחים דוחי מזיקים או הבאת חרקים מועילים. במקרים חמורים, עשוי להידרש טיפול מקצועי יותר. לבסוף, מיישמים שיטות מניעה לטווח ארוך, כמו שיפור הניקוז ותכנון נכון של הצמחייה.