הטיפול בדירת אגרן במצב תברואתי קשה מציב מספר אתגרים משמעותיים. ראשית, כמות החפצים העצומה מקשה על גישה לכל חלקי הדירה, מה שמסבך את תהליך הניקוי והחיטוי.
פינוי אגרנות כפייתית דורש רגישות רבה, שכן לאגרן יש קשר רגשי עמוק לחפציו. קיים סיכון בריאותי גבוה לצוות העובדים בשל חשיפה לעובש, חיידקים ומזיקים. זיהוי וטיפול במפגעים נסתרים, כמו נזקי מים או עובש מאחורי קירות, מהווה אתגר טכני. יש צורך בציוד מיוחד וחומרי ניקוי ייעודיים להתמודדות עם רמות זיהום גבוהות. לבסוף, מניעת הישנות המצב דורשת שינוי התנהגותי מצד האגרן, מה שמצריך תמיכה פסיכולוגית מתמשכת.