הטיפול באגרנות כפייתית מציב מספר אתגרים משמעותיים. ראשית, ישנה לרוב התנגדות חזקה מצד האגרן לשינוי ולפינוי חפצים. שנית, הקושי הרגשי בהיפרדות מחפצים יכול להיות עצום ולגרום למצוקה רבה. שלישית, יש צורך בשינוי עמוק של הרגלים ודפוסי חשיבה מושרשים.
פינוי תכולה יכול להיות תהליך ארוך ומורכב. בנוסף, קיים אתגר בשמירה על השינוי לאורך זמן ומניעת חזרה להרגלים הישנים. הטיפול דורש גישה רב-מערכתית ושיתוף פעולה בין מטפלים, משפחה ואנשי מקצוע בתחום הפינוי והארגון.
