האתגרים העיקריים בטיפול באגרנות כפייתית כוללים התנגדות לשינוי מצד האגרן, קושי רגשי בהיפרדות מחפצים, והצורך בשינוי הרגלים ודפוסי חשיבה מושרשים.
פינוי תכולה יכול להיות תהליך מורכב ומלחיץ. אתגר נוסף הוא שמירה על השינוי לאורך זמן ומניעת חזרה להרגלים הישנים. הטיפול דורש גישה רב-מערכתית, המשלבת טיפול פסיכולוגי עם עזרה מעשית בפינוי וארגון הבית.